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早在70年代，托克逊县风城国营牧业有限公司就在自治区畜牧总站、市县畜牧工作站、新疆畜牧科学院、新疆农业大学等部门和单位的专家指导下进行吐鲁番黑羊原种提纯促壮的选育工作，做为吐鲁番黑羊研究实施单位，将吐鲁番黑羊的生产性能测定数据进行研究比对，整理归档，为2014年吐鲁番黑羊地理标志产品的标准制定提供了可靠的数据。

田可川、刘武军、张艳花等多名专家为《吐鲁番黑羊育种计划》的制定倾心研究，2024年吐鲁番市重点研发项目，直接将基因测序技术运用到吐鲁番黑羊选种选配工作中，为育种计划的精准实施提供了科技依据。

2021年11月，自治区畜牧总站在国营牧场采集吐鲁番种公羊精液后，制作成冻精，入驻国家种质资源库长久保存。2024年在自治区畜牧总站的全面指导下，吐鲁番黑羊鲜精配送业务将全面展开。